Fundado em 2013, profissionalizou-se apenas em 2015 para disputar a Segunda Divisão estadual, que voltava a ser realizada 8 anos após sua última edição (2007). Na fase inicial, coube ao atacante Rafael Barbosa marcar o primeiro gol da história profissional do Altos, na partida contra o Timon. A equipe ficou em segundo lugar (atrás do Picos) e garantiu, além da classificação para a final, o acesso à Primeira Divisão em 2016.

Na decisão, o “Jacaré” venceu o Picos por 2 a 0 no estádio Felipão, e, na partida de volta, um empate por 1 a 1 garantiu o título da Segunda Divisão ao Altos, logo em seu ano de estréia como equipe profissional. Em 2016, na primeira vez que disputou na elite do futebol piauiense, obteve a melhor campanha da competição, e na final, do segundo turno, ganhou de (3×1) no Estádio Felipão do maior campeão piauiense, o River Atlético Clube,mas logo após esse título, constatou-se a inscrição de um jogador irregular, e o time de Altos acabou por perdê-lo via Tribunal Esportivo. E na campanha da Série D 2016, teve a melhor campanha de um clube na fase de grupos da história da competição, mas acabou sendo eliminado pelo CSA, quando perdeu o primeiro jogo por 3×0 em Alagoas e em Teresina o “Jacaré” ganhou por 2×0, com a campanha de 10J- 8V- 1E- 1D. O clube estreou em 8 de fevereiro de 2017 na Copa do Brasil, contra o CRB e fez história, ganhando por 2 a 0 no Estádio Lindolfo Monteiro. O clube disputou a segunda fase da Copa do Brasil contra o Criciúma que já foi campeão da Copa do Brasil, mas infelizmente o Celtic do Nordeste empatou no tempo normal e perdeu por 4 a 3 nos pênaltis, sendo eliminado de forma invicta. Por fim, em 2017 se sagrou o Campeão Piauiense e único detentor de todas as vagas para os campeonatos em 2018: Copa do Brasil, Copa do Nordeste e Série D do Campeonato Brasileiro.